[2]接着在2004年6月開始，商場8樓率先進行全面翻新工程，原有的租戶不是被迫結業，就是遷往其他地方繼續營業。 稍後在2004年至2006年的樓層翻新工程，雖施工地點雖已用木板圍封，但到處沙塵滾滾，使商場的空氣變得污濁，也產生了大量建築廢料。 [3]商場翻新後，大部分店舖均是以中高檔名店為主，但部分名店因生意額欠佳，最終被迫結業。 新城市廣場自1998年起出現小販在公共行人通道擺賣問題，使商場須時常驅趕小販。 到了2008年12月開始，商場於近沙田站位置出入口位置大字標明「嚴禁小販擺賣」的警告，並及增加保安人員看守該處。 2009年9月24日，新城市廣場的業主富棠置地有限公司及負責管理、新鴻基旗下的啟勝管理服務有限公司入稟高等法院要求禁止小販再進入新城市廣場範圍，並向他追討賠償。
為配合地政總署要求，水上樂園於2010年底改建為綠化平臺，部份範圍於2011年9月開放。 到2021年6月起，中庭分階段進行翻新工程，工程包括全面更換外牆燈箱，並移除大電視。 2019年4月，店舖進行租戶重組，東翼百老匯攝影器材縮細，眼鏡88搬遷至同層另一店舖。 工程在同年7月完成，開設了優品360、Mannings Baby、豐澤電器旗下的副線新品牌TechLife by FORTRESS，電訊數碼和快圖美。
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到了2002年5月被美心食品特許經營的星巴克咖啡店取代。 沙田新城市廣場停車場2025 [20]商場東翼在1997年10月前為八佰伴超級市場及美食廣場，八佰伴結業後，於1998年8月改建為Food Parc美食廣場。 早期食肆包括肯德基、阿拉麵館、大排檔、百人一朱、香辣屋、Delifrance、百佳咖啡餐廳及祖樂比等[21]。 4樓（L4）在商場西翼在80年代主要店舖為佔地13,000呎的百佳超級市場、快圖美、銀碧皮具及遊戲機中心-歡笑樂園。 到了90年代初，新增通道連接新城市廣場第三期，遊戲機中心結業，原址改為大家樂。
其他主要電器店包括中原電器、百老匯攝影器材、香港電業城（已於2013年結業）、蘇寧鐳射、OSIM、PCCW（已於2011年結業，原址現為恆輝數碼）及DG LifeStyle Store等。 其餘主要租戶還包括中國銀行、BOSE、AV-Life、Pacific Coffee、快圖美、OTO、Samsonite、Sony Store、Nokia專門店及1010等。 另一方面，商場6樓翻新時曾預留位置建立連接3樓及6樓專用的升降機大堂，不過最終計畫攔置，成為店舖的一部份。 商場西翼在80年代主要以食肆為主，包括聖安娜餅店、德和燒味、新城市零食店及馬利奧餐廳等。 到了90年代初，將通道位置開設時間廊，德和燒味及馬利奧餐廳結業後分別變更為大家樂及金像苑泰國菜館；萬寧原址結業後變更為U2。
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她認為拍攝是個人權利及自由，普通人沒有警察的執法權，示威者沒有查身份證及要求別人出示手機內容的權力，認為示威者行為剝奪他們的自由。 沙田新城市廣場停車場 示威者著她返回大灣區，最終女子離開商場[116][125]。 此外，商場以往的展覽場地，包括一樓羅馬廣場、三樓展覽廊及拱型玻璃天幕廣場於2008年11月至2009年8月曾停止對外租予作展覽用途，避免遭受地政總署控告。 唯到2015年1月，音樂噴泉因不明原因突然停用，表演時間牌更於2015年3月拆除，而池水已污濁到變成綠色。 沙田新城市廣場停車場2025 新鴻基其後為噴泉更換池水及維修後便迅即重新使用，但現時的規模較以往有所縮小。
- 而旁邊的Accessorize及snidel亦相繼搬遷至3樓、4樓其他地方，與馬莎百貨原址再次打通，並租予Apple Store，於新界開設首間專門店，於2016年6月30日開業。
- 1998年，為了吸引更多人流前往5樓，發展商在商場西翼加建了一條扶手電梯連接4樓至5樓。
- 2019年7月14日，沙田市中心一帶進行反對逃犯條例修訂草案遊行，晚上大量示威者進入商場，並欲前往港鐵沙田站，其後大批防暴警察進入商場驅趕示威者並爆發激烈衝突。
- Desigual於2016年初結業後，原址於6月開設馬莎百貨女裝部。
項目一直由新鴻基旗下私人公司Fu Tong Investment Company（富棠置地有限公司）擁有業權。 直至2004年12月，7樓花園平臺進行重建工程，音樂噴泉正式搬往室外，重建工程於2005年5月中完成。 可惜因不明理因，音樂噴泉正式對外開放日期不斷延遲。 到了2006年3月，7樓花園平臺，全面開放，並且於2006年至2007年初稱為Starry Garden。 翻新工程包括將音樂噴泉搬往室外花園平臺，增建24條扶手電梯，全面翻新各樓層的天花板、地臺、外牆、洗手間和喉管設備等。
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為減低發生恐怖襲擊的風險及減少商場人流，商場自2008年起減少舉辦大型活動。 由2009年起停止向公眾發放活動時間表，部份活動只能在當日現場觀察才知道。 Kilowatt® 並不對該等資訊的準確性、完整性作出任何明示或隱含的陳述、申述或保證。 Kilowatt® 不會就有關資訊的任何錯誤、遺漏、或失實陳述(不論明示或隱含的)承擔任何責任。 對於因使用、不當使用、不能使用或依據資訊而引致或所涉及的任何損失、毀壞或損害（包括但不限於相應的損失、毀壞或損害），Kilowatt® 概不承擔任何法律責任、義務或責任。
商場更將7樓廢棄多年的空中花園進行全面翻新及改建，並且將音樂噴泉組件移走至七樓花園平臺。 到了2008年11月，平臺部份涉及公共用地問題，不容許作零售用途，因此食肆室外範圍的座位被搬走。 到2014年3月，701和710舖位進行通道還原工程。 南座設有大型花園平臺，東西兩翼在80年代時只設置花糟及有蓋行人通道，其餘範圍為開放空間。 到了1990年，為配合帝都酒店落成，發展商將開放空間變更為三個網球場，只供帝都酒店住客享用。 跳飛機場到2020年6月末改建為供2至6歲小朋友使用的平衡車公園，以野外叢林風格為主題。
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2019年6月翠園進行翻新並還原通道，同年8月，川淮居改成北京樓。 新城市廣場自2003年起與沙田警區合作，於星期五下午時段派遣多名警察在商場內巡邏，在租戶方面，則定期舉辦講座，讓租戶能夠提高警覺，防止店舖盜竊及扒竊案的發生。 在2003年至2005年期間更推行「安心購物計劃」，成功減少盜竊案的發生[66]。 隨着商場在翻新後嚴格加強安裝閉路電視及增加保安人員後，警察在商場內巡邏經已減少。 其中Tommy Hilfiger新店面積約佔6,000方呎，並把品牌旗下多個系列集中於該處。 DÉLICES舖位，原址改為Godiva Belgium 1926，而乳酪店Tuttimelon因霸佔公眾行人通道出租而違反地契而結業。
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Ty’super翻新，唯面積縮細，部份範圍改為多間商店。 另一方面，因應商場3期翻新，無印良品、商務印書館和玩具反斗城暫遷該處。 GLOBAL 沙田新城市廣場停車場2025 WORK因而縮細、initial原有的複式舖位改為只在3樓營業。 GLOBAL 沙田新城市廣場停車場 WORK結業後改為American Eagle，而商務印書館和玩具反斗城分別改為臨時的EGG眼鏡店和Pici Pasta 沙田新城市廣場停車場2025 Bar西餐廳，並設有戲院售票處。 2019年第4季，無印良品和近UNIQLO的商店因遷往3期而結業。 而Tommy Hilfiger下層部分在2021年中結業後改為Cotton On。
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另一方面，新建了一條通道連接「時尚圈」範圍，方便沙田廣場居民進出新城市廣場。 到了2005年5月，為配合翻新工程，東翼所有店舖結業，並進行翻新。 沙田新城市廣場停車場2025 包括將三樓近港鐵沙田站位置進行通道還原工程，通道旁原有的兩間玻璃屋被迫拆卸並且進行改建工程。
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到晚上7時許，近500名防暴警察很快衝入商場多個樓層，並以違反「限聚令」為理由驅趕和截查市民，令商戶需要落閘。 警方佔領商場的行動也讓市民和區議員批評不合法不合理。 警方公佈全日在商場內有11人被發出「限聚令」告票，其中公民黨「霸氣哥」兩度遭警員票控。 新城市廣場服務處發言人指，管理處並無主動報警，強調警方完全有權進入商場執法。 到4時10分，防暴警員在巴士站舉起藍旗，其後超過50名防暴警和便衣警員分別由沙田站和沙田大會堂位置衝入商場進行拘捕行動，制服示威者，場面混亂。 [117]警方表示，因為示威者在新城市廣場破壞店舖，及用雜物堵塞商場出入口及樓梯，所以警方進入商場執法[115]。
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2019年7月14日，沙田市中心一帶進行反對逃犯條例修訂草案遊行，晚上大量示威者進入商場，並欲前往港鐵沙田站，其後大批防暴警察進入商場驅趕示威者並爆發激烈衝突。 自此之後商場成為反修例運動中其中一個集會地點和設置連儂牆的地方。 2019年11月中，管理公司聘請多名身穿黃衣的南亞裔外判保安維持場內秩序。 其後的反修例運動，警方多次進入商場引發衝突，多人被捕。 最初新城市廣場在1984年建成時，沙田火車站尚未完成擴建，那時沒有人在此開店。
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工程於2006年12月中完成，改建工程完成後，原有的大樓梯位置改建為商場入口，並且將原有的商場通道改建為新的的士/落客區，容許更多車輛上落。 商場通道管制措施於2001年8月推行，當時為瞭解決不良少年經常在樓梯間流連，因此商場管理公司決定將室外及室內大部份樓梯安裝警報裝置，並且將室外樓梯防火門的扶手拆卸。 沙田新城市廣場停車場2025 縱使有關措施能夠保持通道暢通無阻，但市民前往商場其他樓層時更費時。
