二樓樓底與新城市廣場第一期一樣，只有8尺高，較其他樓層矮。 因應翻新工程，直至2017年6月底，1樓所有店鋪均已經結束營業，或臨時搬遷至一期其他位置。 同年7月起全面封閉，於2018年10月完工，一田百貨在10月24日進駐全層，方便駕駛客購物。
- 出租近半個新城市廣場給八佰伴不久，因鐵路電氣化而在此興建現在的沙田車站，開通後人流大增，部分人笑言當時新城市廣場的商鋪即使賣垃圾貨色的都可以發達，使新鴻基地產和八佰伴因投資新城市廣場累積不少資金。
- 2019年11月中，管理公司聘請多名身穿黃衣的南亞裔外判保安維持場內秩序。
- 而Tommy Hilfiger下層部分在2021年中結業後改為Cotton On。
- 2003年，為了配合中央政府開放自由行香港經濟復起，故新鴻基地產在2003年8月正式公佈耗資3億元全面翻新沙田新城市廣場第1期，藉此提供舒適的環境給顧客購物，及改善租戶的營商環境和為新地旗下的商場增值。
- 東翼連接4樓及6樓扶手電梯的家居店更採用開放式設計。
到了90年代初，新增通道連接新城市廣場第三期，遊戲機中心結業，原址改為大家樂。 同年，百佳超級市場因配合翻新工程而縮細，一部份劃作為時裝店，90年代後期為運動家及Suzuya。 1996年，大家樂亦縮細，一部份劃作為KFC，到了2004年才結業，後來變為One 沙田新城市廣場花店2025 One Pasta西餐廳，一年後結業。
沙田新城市廣場花店: 商場
而旁邊的Accessorize及snidel亦相繼搬遷至3樓、4樓其他地方，與馬莎百貨原址再次打通，並租予Apple Store，於新界開設首間專門店，於2016年6月30日開業。 2011年5月，四樓大家樂、美心MX、屈臣氏及大衆書局陸續結業。 沙田新城市廣場花店2025 沙田新城市廣場花店2025 而前屈臣氏及大衆書局原址就開設佔地9,800呎的H&M，於9月15日開業。 商場西翼與東翼中央於1998年起設置顧客服務中心，爲遊人提供多項服務。 中心於2005年10月及2013年曾進行翻新。
- 2020年1月起，管理公司在商場圍欄外加裝鐵網。
- 場內的行人通道亦設期間限定店，可租賃樓面維持約4,000方呎，涉及5至6個舖位，租期兩至三個月。
- 新界南總區副指揮官陶輝亦在場指揮，並陪同多名防暴和軍裝警員到5至7樓巡查，大部分商鋪暫停營業。
- 此外，高層及底層地庫設有大型停車場，附近位置設有6部升降機往商場高層。
- 警員多次舉槍指向商場上層位置，並警告上層人士不要再投擲物品[124]。
[17]到了1997年改建爲遊戲機中心、美國冒險樂園及UA 7-10院線。 在2006年，爲配合UA戲院大樓重建工程，位於底層地庫的院線進行小型翻新，並且縮減爲2間院線。 高層地庫同樣在1999年改建爲“東京新幹線”設15 間時尚特色商戶，爲年青人爲對象的主題樓層[18]。
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到了2004年8月，因進行全面翻新工程，美心皇宮遷往至商場8樓，原有的租戶被迫結業，只有利苑酒家及和民居食屋繼續營業。 翻新工程於2004年12月完成，重新規劃後爲電器用品的集中地。 其他主要電器店包括中原電器、百老匯攝影器材、香港電業城（已於2013年結業）、蘇寧鐳射、OSIM、PCCW（已於2011年結業，原址現爲恆輝數碼）及DG LifeStyle 沙田新城市廣場花店2025 Store等。 其餘主要租戶還包括中國銀行、BOSE、AV-Life、Pacific Coffee、快圖美、OTO、Samsonite、Sony Store、Nokia專門店及1010等。 另一方面，商場6樓翻新時曾預留位置建立連接3樓及6樓專用的升降機大堂，不過最終計畫攔置，成爲店鋪的一部份。
為了提高知名度，商場3樓更設多個以花生漫畫為主題的指示牌及主題走廊，有關的指示牌及裝飾已在2006年的全面翻新工程中被拆卸。 沙田新城市廣場花店2025 到了2007年11月，商場一樓肯德基快餐店因容許在早上開業，第三期推行的通道管制實行時段得以改善，市民可以在早上7時15分至晚上12時正自由通行第三期商場部分。 二樓（L2）全層均爲一田百貨精品部、電器部、女裝、男裝、年青服飾、童裝、傢俱部、行李部、化妝品及首飾部。
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然而，由於當時該層室內部份並沒有通道連接至花園，只能從5樓及6樓室外樓梯前往，使該處人流稀少，後來更處於荒廢狀態。 2013年10月，沙田地政處發現展覽廊的店舖霸佔公眾行人通道出租而違反地契，已發信要求業權人糾正，因此3樓展覽廊的化妝品店需全部結業，以進行還原工程。 沙田新城市廣場花店2025 沙田新城市廣場花店 最後在2007年翻新工程，改建為特色食肆，並且採用開放式設計，食肆外圍安裝活動敞門，方便欣賞室外景色。 警方公佈全日在商場內有11人被發出「限聚令」告票，其中公民黨「霸氣哥」兩度遭警員票控。
2009年6月26日，商場三樓多個主要通道出入口必須24小時開放。 到了同年7月初，商場花園平臺的開放時間亦有變更，3樓平臺為24小時開放；5樓、7樓及9樓平臺為上午7時至晚上10時開放。 音樂噴泉原位置於新城市廣場第1期商場3樓室內中庭，但為了配合2003年的翻新工程，音樂噴泉組件被移走至其他位置。 不過翻新工程最終並沒有翻新一樓西翼美食廣場、戲院大樓、地庫零售部份以至為3樓及5樓花園平臺進行重建工程。 2019年4月，店舖進行租戶重組，東翼百老匯攝影器材縮細，眼鏡88搬遷至同層另一店舖。 工程在同年7月完成，開設了優品360、Mannings Baby、豐澤電器旗下的副線新品牌TechLife by FORTRESS，電訊數碼和快圖美。
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位於5樓平臺，發展商在2020年11月進行活化，改爲集運動與休閒於一身的公園，並設7項設施。 包括逾5米高滑草梯、17米長S形懸吊式平衡木走道、15 米長的攀石牆、無器械健身區、籃球場和草地緩跑徑。 音樂噴泉於2008年前受認定爲香港第二大的音樂噴泉（最大的是荃灣廣場音樂噴泉，但當時沙田新城市廣場受認定爲最大的室內音樂噴泉），直至後來荃灣廣場音樂噴泉被拆卸。 無限地帶位於UA戲院對上平臺，結業後部分改建成風月堂，從商戶平面圖觀察，內部設有動感影院坐位，上層設有放影室。
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另一方面，地契列明將商場通道及中庭出租的話，收取的租金只可包括水、電費，並不可以進行金錢交易用途。 [58]而地政總署列明新城市廣場第一至三層和第四層部分地方必須按照地契24小時開放給所有公衆人士使用[注 1][59]。 新城市廣場第三期位於沙田正街2-8號，分爲商場及住宅兩部份。 商場部份在1990年11月1日開幕，住宅則在1991年4月入夥。 商場原以天幕長廊爲核心設計，主要租戶包括一田百貨、商務印書館、玩具反斗城、MUJI潮流服裝及兒童服裝及禮品專門店爲主。
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根據新鴻基地產於2008年1月時表示，第三階段翻新工程將會在2008年6月展開，計劃將1樓西翼佔地3.2萬方呎樓面，改裝成美食廣場，提供19至25個美食檔位，年內落實營運商。 發展商原打算花費3億元重建UA戲院，並且有兩個IMAX戲院，打造成全港最佳音響及視覺效果戲院。 翻新工程包括將音樂噴泉搬往室外花園平臺，增建24條扶手電梯，全面翻新各樓層的天花板、地臺、外牆、洗手間和喉管設備等。 此外，商場亦會重新規劃所有樓層，經過規劃後的樓層會有不同的主題，方便顧客購物。
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水上樂園估計有40,000呎，可分為游泳池和水上滑梯。 為配合地政總署要求，水上樂園於2010年底改建為綠化平臺，部份範圍於2011年9月開放。 沙田新城市廣場花店2025 同年12月改建為遊樂場，設有跳飛機簡單康樂設施。 到2021年6月起，中庭分階段進行翻新工程，工程包括全面更換外牆燈箱，並移除大電視。
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到了1996年，玩具反斗城首次縮小，原址分拆爲四間店鋪。 當年新增的店鋪包括哈迪斯快餐店、繽紛樂園及一間補習社。 縮小後的玩具反斗城對出位置則改裝爲兒童天地，設有一部互動性質遊樂設施（設施於2002年停用）。 在1997年，天幕長廊中央大型舞臺拆卸，並且夷爲平地。 一樓（L1）在1990年代初設有不少兒童用品及禮品專門店，包括Giftland、Chickeeduck、Ladybird及卡通天地童裝店。
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到了2005年，為配合四樓安裝新扶手電梯，西翼部份店舖被迫結業。 為配合商場翻新工程，西翼所有店舖於2006年3月結業。 到了2004年10月，7樓所有店鋪因進行全面翻新工程，原有的租戶被迫結業。 原址改建爲10間特色食肆及一間唱片店CD Warehouse，部分特色食肆室外設有座位，該層命名爲THE ，大部份食肆於2005年5月至7月開業。 商場更將7樓廢棄多年的空中花園進行全面翻新及改建，並且將音樂噴泉組件移走至七樓花園平臺。
沙田新城市廣場花店: 新城市廣場第三期
2003年，爲了配合中央政府開放“自由行”和香港經濟復起，故新地在2003年8月正式公佈耗資3億元全面翻新沙田新城市廣場第一期。 然而，商場著名景點音樂噴泉因翻新工程而被迫在同年9月初拆卸。 在2003年11月開始，商場中庭進行分階段增建扶手電梯工程。 [2]接着在2004年6月開始，商場8樓率先進行全面翻新工程，原有的租戶不是被迫結業，就是遷往其他地方繼續營業。 稍後在2004年至2006年的樓層翻新工程，雖施工地點雖已用木板圍封，但到處沙塵滾滾，使商場的空氣變得污濁，也產生了大量建築廢料。 [3]商場翻新後，大部分店鋪均是以中高檔名店爲主，但部分名店因生意額欠佳，最終被迫結業。
沙田新城市廣場花店: 新城市廣場
不過正進行裝修的GAP一直未有開業，最後到2021年4月30日改爲開設迪卡儂。 商場西翼在80年代主要以食肆為主，包括聖安娜餅店、德和燒味、新城市零食店及馬利奧餐廳等。 到了90年代初，將通道位置開設時間廊，德和燒味及馬利奧餐廳結業後分別變更為大家樂及金像苑泰國菜館；萬寧原址結業後變更為U2。 到了2000年，更開設超人主題餐廳，不過一年後改建為超人冰室，2003年結業後分別變更為北京人家。
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管理公司分別於2011年及2013年於3樓及4樓加裝更多閉路電視，並提供高清畫面。 沙田新城市廣場花店 到2020年5月反修例運動期間，商場多處安裝多部閉路電視，達到全面監控。 音樂噴泉於2008年前受認定為香港第二大的音樂噴泉（最大的是荃灣廣場音樂噴泉，但當時沙田新城市廣場受認定為最大的室內音樂噴泉），直至後來荃灣廣場音樂噴泉被拆卸。 位於7樓平臺花園Starry Garden，鐘樓的球形頂部設有電子鐘，或因受雷電幹擾而長期停用，到了現在也可以看到這座鐘樓，但它已經沒有顯示時間。 露天劇場位於UA戲院對上平臺，看臺部分已拆卸改建為無限地帶，舞臺連後臺洗手間（T37）一直廢棄，現已連同戲院拆卸。 商場西翼與東翼中央於1998年起設置顧客服務中心，為遊人提供多項服務。
主要引入年青服裝爲主，時裝店包括全港首間collect point 日本服裝專門店、Chocoolate、The Emporium及Ticket by azona等。 其他新店包括Thomas Sabo及TOUS首飾店、Kiehl’s 1851化妝店及全球首間SK-II專門店。 沙田新城市廣場花店 另一方面爲配合翻新工程，百佳超級市場一帶店鋪於2004年10月結業，原址分別在2005年1月及3月開設大衆書局及屈臣氏。
2013年9月起，4樓馬莎百貨縮細，縮細了的原址開設Accessorize及日本女士服飾snidel。 2016年2月起，利用通道開設Pop-up store，到2017年9月在通道開設來自美國的精品餅店Lady M。
發展商原打算花費3億元重建UA戲院，並且有兩個IMAX戲院，打造成全港最佳音響及視覺效果戲院。 翻新工程包括將音樂噴泉搬往室外花園平臺，增建24條扶手電梯，全面翻新各樓層的天花板、地臺、外牆、洗手間和喉管設備等。 此外，商場亦會重新規畫所有樓層，經過規劃後的樓層會有不同的主題，方便顧客購物。
同日晚上，身穿黑衣的抗爭者隊伍經過新城市廣場，受到現場大批市民夾道歡呼，場面震撼[101]。 在2008年8月北京奧運馬術項目於香港舉行期間，商場曾聘請保安犬在商場內巡邏，減低發生恐怖襲擊的風險[67]。 沙田新城市廣場花店2025 不過自2008年11月起，為提升商場保安級別，商場每日會派遣保安犬巡邏，有關措施不定期進行。 為配合商場通道管制措施，因此購買了大批鐵馬及保安站崗。
直至2004年12月，7樓花園平臺進行重建工程，音樂噴泉正式搬往室外，重建工程於2005年5月中完成。 可惜因不明理因，音樂噴泉正式對外開放日期不斷延遲。 到了2006年3月，7樓花園平臺，全面開放，並且於2006年至2007年初稱為Starry Garden。 5樓（L5）商場西翼在1980年代時主要為多間婚紗攝影店，髮廊，時裝店及恆生銀行。
