796X線須途經新蒲崗、九龍城、土瓜灣和紅磡一帶，整體車程超過一小時，對往返尖沙咀的將軍澳南乘客來說是非常費時，故部分將軍澳乘客會選擇乘搭296D或796P前往尖沙咀，但兩線均途經東九龍走廊、漆鹹道北和加士居道等經常塞車的路段。 另外，不少土瓜灣、紅磡的乘客，尤其是紅磡工廠區，由於比區內其他路線（如5號、5C、8號）便宜，也會利用796X前往尖沙咀東。 將軍澳工業邨開經：駿宏街、駿才街、駿盈街、駿光街、駿昌街、駿日街、環保大道、百勝角路、環保大道、環澳路、將藍公路、茶果嶺道、偉業街、觀塘道、彩虹交匯處、龍翔道、呈祥道、葵涌道、昌榮路迴旋處、青山公路（葵涌及荃灣段）及大河道。 沙田市中心開經：沙田正街、橫壆街、源禾路、沙田鄉事會路、沙田圍路、沙瀝公路、大老山隧道、觀塘繞道、將軍澳道、將軍澳隧道、將軍澳隧道公路、寶順路、寶寧路、常寧路、重華路、培成路、常寧路、寶寧路、寶琳北路、佳景路、欣景路、寶豐路、寶琳北路及林盛路。 從歷年巴士路線發展計劃所載之數據可見，此路線乘客量持續偏低，最繁忙的一小時載客率只有39%（2012年）及45%（2013年），非繁忙時段的平均最高載客率為14%（2012年）及16%（2013年）。 全日平均載客率約為15%（2012年）及23%（2013年），最低為2%（2012年）。
九巴路線：若第二程路線於將軍澳隧道轉車站前登車的收費，低於或相等於第一程路線於將軍澳隧道轉車站登車的收費，第二程可獲免費轉乘，否則只需補差價。 將軍澳隧道巴士轉乘站2025 本線為前新巴首條服務觀塘碼頭、偉業街、海濱道以及九龍灣商貿區的獨營全日專營巴士路線，亦令新巴站牌曾經出現於觀塘碼頭、偉業街及海濱道，同時亦是繼九巴15A線於2013年7月21日撤出勵業街至開源道的一段偉業街之後，該路段首條每日全日專營巴士路線（2019年開辦的九巴33線星期六日及假日不設服務）。 於2005年5月1日凌晨投入服務，途經清水灣半島、將軍澳南、將軍澳市中心、調景嶺、觀塘市中心、九龍灣、紅磡、尖沙咀、油麻地、旺角、九龍城、新蒲崗、彩虹邨及牛頭角，只於深宵時段提供服務。 2011年8月15日起投入服務，為796X的早晨特快班次，途經清水灣半島、將軍澳市中心、尚德、調景嶺、啟德隧道、東九龍走廊及尖沙咀東。 於2022年8月21日起投入服務，由796C及796E線合併而成，途經清水灣半島、將軍澳南、將軍澳市中心、調景嶺、將軍澳隧道、觀塘繞道、九龍灣商貿區、新蒲崗、九龍城、旺角、深水埗。
將軍澳隧道巴士轉乘站: 將軍澳隧道公路
運輸署今（23日）宣佈，位於將軍澳隧道收費廣場，往將軍澳方向的巴士轉乘站將於10月2日早上啟用。 各間專營巴士公司合共有25條巴士線，會於該轉車站停站，包括15條全日服務路線、4條通宵線及6條繁忙時段特別線。 九巴會有9條路線途經轉車站，往將軍澳的乘客於轉車站轉乘九巴其他路線，大部分路線免費轉乘，兩程車只收一程價，包括由尖沙咀東出發的98D，乘客於轉車站接駁98往康城，第二程車費全免；另部分路線則以「補差價」形式回饋乘客，即兩程車的總收費，會以較高一程的收費為準，最多可慳5.1元。 將軍澳隧道巴士轉乘站2025 新轉車站共有25條巴士線途經，不過乘客要留意，各專營巴士公司未有提供跨公司轉乘，即九巴乘客只能轉坐九巴或同系龍運巴士；新巴乘客轉車時，要轉坐新巴或同系城巴，方能享有轉乘優惠。
- 2013年8月12日，西貢區議會交通及運輸委員會舉行巴士工作小組會議，在會議當日早上，有委員實地視察此路線的客量，發現692P線最多乘客的一班都只得50人過海，而此路線在尚德亦平均只得30人上車，數字同運輸署數字大致吻合。
- 由於此線定線直接，特快來往將軍澳及沙田人流最集中的地方，深受將軍澳及沙田居民歡迎，成功吸引不少港鐵乘客轉乘此線，由開線初期的每日1000人次急升至現時日均7000人次使用率，預期載客量仍會繼續上升。
- 由於招標需時，加上尚德邨於1998年入夥後，該區往返九龍的需求日漸增加，所以運輸署將其中一條擬招標，往返將軍澳南至土瓜灣、紅磡及九龍地鐵站的新線，交由九巴提早開辦，編號為296X，往返尚德（唐德街）（現址為香港九龍東皇冠假日酒店對出）至紅磡碼頭，於1999年5月17日起投入服務，九巴亦已知悉該線將要交予將會投得將軍澳南路線的新經營者營辦。
- 沙田市中心開經：沙田正街、橫壆街、源禾路、沙田鄉事會路、沙田圍路、沙瀝公路、大老山隧道、觀塘繞道、將軍澳道、將軍澳隧道、將軍澳隧道公路、環保大道、寶邑路、寶康路、唐明街、景嶺路、翠嶺路、寶邑路、環保大道（南行）、駿日街（北行）、駿昇街（東行）、掉頭、駿昇街（西行）、駿日街（南行）、環保大道（北行）及康城路。
- 至於原有觀塘綫東區海底隧道至藍田站的路段改為備用，命名為「藍田站後備行車隧道」，供工程車或車務調動使用。
- [1]隨後運輸署更大力推動巴士轉乘計劃，九巴先後於2000年3月26日及2001年3月25日，推出98A及296A線與六條新界路線的八達通轉乘優惠，更在2001年至2002年期間擴展至大部分取道觀塘道往來新界的巴士路線，令開辦沙田至將軍澳的巴士路線的建議幾乎無法實行。
港鐵在7月26日正式開放康城站，之前純粹用來讓空車往返將軍澳車廠和將軍澳站、長達3.5公里的路軌亦開始負責康城站的客運服務。 服務翠林區的西貢區議員蔡明禧指，倘巴士專營商可達成跨巴士轉乘優惠，相信轉車站發揮效益會更理想，但明白各專營巴士公司各有商業考量，遂未能成事。 他又指，安達臣道石礦場有房屋用地發展，當局評估成效時，要同時計算未來人口及客流量。
將軍澳隧道巴士轉乘站: 將軍澳站公共運輸交匯處
E22A線往康盛花園方向，多年來均取道景嶺路南行繞經調景嶺，並在香港知專設計學院外設站。 部分區議員希望將該站遷進有蓋公共運輸交匯處內，如調景嶺站或彩明，方便乘客於下雨天出行。 時任區議員何民傑不滿改道計劃將會取消每年有過萬人次使用，原設於景嶺路近彩明苑彩富閣的分站，而聯同居民於2019年5月24日到該巴士站抗議。 九龍巴士設有大欖隧道收費廣場八達通轉乘優惠，乘客於指定時間內使用同一張八達通或同一個電子支付工具帳戶，可於大欖隧道轉車站轉乘以下路線（同一路線或以”/”標示的同一組別路線除外）。 城巴過海隧道巴士967線系列、過海隧道巴士969線系列及龍運巴士E34線系列等雖在大欖隧道轉車站接載乘客，但不設轉乘優惠，直至2009年12月27日，城巴才提供過海隧道巴士967線、過海隧道巴士967X線、過海隧道巴士969線、過海隧道巴士969A線、過海隧道巴士969C線及過海隧道巴士969P線六條路線於大欖隧道收費廣場免費互轉的優惠計劃，惟與九巴的轉乘計劃並不通用。
港鐵將軍澳綫於2014年12月8日起加強列車服務，繁忙時間來往北角至康城的列車行車模式將由原本的「3+1」改為「2+1」，即兩班來往寶琳站，一班來往康城站；同時康城站至北角站的列車班次亦由原來每10分鐘一班加強至每7分鐘一班，每週增加237班列車。 將軍澳隧道巴士轉乘站2025 其中週一至週六早上繁忙時段及週一至週五黃昏繁忙時段共增加201班列車，其餘非繁忙時間則多加36班車，以紓緩油塘站至鰂魚湧站的過海段人流，預計將軍澳綫繁忙時段的整體載客量可上升11.5%。 地鐵公司2002年7月4日宣佈，將軍澳綫於8月18日通車，過海最高票價為$11.8，較過海巴士票價低兩成[13]。 將軍澳隧道巴士轉乘站2025 油塘站和調景嶺站成為轉綫站，為使乘客適應觀塘綫和將軍澳綫的新轉車安排，油塘站於8月4日率先投入服務。
將軍澳隧道巴士轉乘站: 行車方向
乘客乘搭上述路線前往該轉乘站並轉乘其他指定巴士路線時，可享有轉乘優惠，詳情請參閱各巴士公司提供的資料。 轉乘站設有洗手間、候車上蓋、座位及預計巴士到站時間的顯示屏，以方便乘客。 通車初期，將軍澳隧道公路外的迴旋處由於需要應付來自三個方向的車輛，導致形成瓶頸，為了應付交通擠塞的問題，有關方面在1990年代後期，落實了計劃良久的分層交匯處建造工程，利用行車天橋、公路和引路，把前往不同地方的車輛分開。 796P線開辦初期，日出康城只有第一期「首都」落成，加上於尖沙咀的服務範圍僅限於東部，因此乘客量偏低。 隨著將軍澳人口不斷增加，區內乘客對特快往返尖沙咀的需求變得殷切，運輸署已在2018年9月、2019年第三至第四季及2021年7月把不用途經新蒲崗至紅磡的796P線分階段提升至每日指定時段服務[32]。
- 上述行人連繫設施工程由均安建築承辦[16]，在2017年3月陸續展開[17]，其中一組連接安達臣道石礦場發展區與安達邨仁達樓、寶達邨、曉光街 (秀茂坪道)和巴士轉乘站：另一組貫通秀茂坪邨秀暉樓現有行人天橋、秀茂坪南邨、秀茂坪邨秀明樓、梁式芝書院、曉明街、翠屏邨，接駁現有行人設施直達觀塘站。
- 目前負責管理將軍澳綫的將軍澳車廠共有13列韓製列車，每天均會向觀塘綫九龍灣車廠抽調3至6列英製列車行走。
- 於2022年2月28日起投入服務，途經將軍澳隧道、觀塘繞道、九龍灣、啟德隧道、東九龍走廊、油麻地、旺角、西九龍走廊、美孚及長沙灣。
- 新巴亦開辦797號循環線，往來日出康城及九龍灣商貿區，同樣於早上6時至晚上12時營運，全程車資7.9元。
- 聯營過海路線690／690P線：於將軍澳區乘搭九巴及城巴以下指定路線，轉乘690／690P線往港島，兩程收費合共 $16.70。
- 大欖隧道轉車站[1]（英語：Tai Lam Tunnel Bus Interchange[2]），位於香港元朗區八鄉大欖隧道元朗收費站外，於1998年5月26日正式啟用，是一個開放式轉車站。
- 另外，九巴曾打算在往元朗方向巴士站開設顧客服務中心，建築物寫有「顧客服務中心」，及後改為與7-11便利店合營客務站。
新巴有鑑於此路線在平日中段及假日客量持續低迷，在2010年前後開始不時派出丹尼士飛鏢（20XX）單層巴士行走該段時間的班次，以節省隧道費，減低經營成本。 由於主要服務將軍澳區的兩間巴士公司（新巴：將軍澳南、將軍澳工業邨至尚德邨、調景嶺一帶）、（九巴：將軍澳北、將軍澳工業邨及尚德邨一帶）皆有大量途徑將軍澳隧道以及目的地相近的路線，預料此轉車站正式落成後，兩間巴士公司的競爭勢必更加激烈。 地鐵公司2006年6月展開將軍澳支綫第二期土木工程[22]，翌年9月26日宣佈將軍澳86區住宅發展項目正式命名為「日出康城」，第一期屋苑2009年暑假入夥。
將軍澳隧道巴士轉乘站: 將軍澳隧道巴士轉乘站10月2日啟用 入將軍澳轉車最多慳5.1元
另外，過去E22A線來回方向均途經富麗花園一段寶康路和將軍澳村一段寶琳北路，惟自2011年9月25日起延長至康盛花園後，因不再駛經寶林邨一段的寶琳北路，將軍澳村失去機場巴士服務，對村民造成不便。 因此，城巴及運輸署於2015年7月向西貢區議會交通及運輸委員會提出一系列提升將軍澳區往返機場的巴士服務建議，當中包括此路線改經寶林邨一段寶琳北路，不再途經富麗花園一段寶康路，方便該村村民，並於同年9月27日起實施。 將軍澳隧道巴士轉乘站2025 惟有關安排卻未取得區議會共識，區議員不滿該段寶康路僅得收費較貴、班次更疏落、服務時間較短，且不經東湧的A29P線提供服務，要求E22A線回復途經寶豐路及寶康路的走線，但同時仍需照顧將軍澳村乘客。 基於地區諮詢意見普遍正面，數年後路政署終於在2020年10月申請移除在擬增設巴士站位置的樹木，預計將於2021年中完工。 2002年8月11日投入服務，來往日出康城和美孚，繞經清水灣半島、茵怡花園及將軍澳隧道，只在上午及下午繁忙時間服務，全線以空調巴士服務，98S由開辦至非空調巴士全數退役之時，都未曾派出過非空調巴士行走，卻有非空調巴士的收費。 踏入千禧年代，由於九龍城區的學額不足，令很多學童需要跨區到將軍澳的學校上課，在早上繁忙時段，本線來回程方向的客量也相當不俗，需要由過海隧道巴士路線調派車輛行走；而馬頭圍、土瓜灣、紅磡一帶仍未有鐵路交通服務，亦為本線造就出一個好機會，調景嶺和將軍澳市中心一帶發展的同時，本線客量也隨之而上升。
將軍澳隧道巴士轉乘站: 巴士路線數目
地鐵公司根據研究結果於1996年4月向港府提交將軍澳支線工程建議，前行政局於12月公佈批准地鐵進行鐵路設計工作[7]，包括進行「紓緩鰂魚湧乘客擠塞工程」（Quarry Bay Congestion Relief Works）[8]，以疏導鰂魚湧站的擠迫情況，並為將軍澳支線進行詳細規劃及設計工作，以擬訂工程項目協議，供政府在1998年審批。 工程所需的必要收地及清拆工作如能順利完成，鰂魚湧紓緩擠塞工程及將軍澳支線的建造工程分別可在2000年年底及2002年年中竣工。 在路綫圖上，將軍澳綫採用紫色為代表顏色，是港鐵第三短的營運路綫，僅次於南港島綫和迪士尼綫，也為目前全球第二短的重鐵路綫，僅次於加拿大滿地可地鐵黃線；而此綫以其服務將軍澳新市鎮而命名。
將軍澳隧道巴士轉乘站: 將軍澳隧道轉乘優惠
日出康城開經：康城路、環保大道（南行）、駿日街（北行）、駿昇街（東行）、掉頭、駿昇街（西行）、駿日街（南行）、環保大道（北行）、蓬萊路、環保大道、寶邑路、翠嶺路、景嶺路、調景嶺站公共運輸交匯處、景嶺路、唐明街、寶康路、靈康路、寶順路、將軍澳隧道公路、將軍澳隧道、將軍澳道、觀塘繞道、大老山隧道、沙瀝公路、沙田圍路、沙田鄉事會路及沙田車站圍。 轉乘站自2017年動工，運輸署原計劃在2020年中率先啟用往將軍澳方向的巴士站，亦曾向西貢區議會表示擬於7月底或8月初啟用，但當局在無交代原因的情況下將啟用日期延至10月初，在區議員多番追問下才透露因電力裝置等原因以致工程延誤，而往九龍的方向的轉車站則因工程複雜延至2021年5月初[19]。 將軍澳隧道巴士轉乘站位於將軍澳隧道收費廣場外，鄰近秀茂坪及藍田北，此外當局亦會在本巴士轉乘站附近興建行人通道、升降機等設施連接秀茂坪（寶達邨、秀茂坪南邨、安達邨）以及藍田北（興田邨、康華苑），方便居住秀茂坪及藍田北一帶的居民前往本巴士轉乘站乘搭交通工具前往各區。 東鐵綫延伸至金鐘站之後，相關路段及車站擠迫情況舒緩，同時本線油塘站至鰂魚湧站人流亦稍為回落
將軍澳隧道巴士轉乘站: 途經路線資料（專線小巴）
調景嶺站開經：景嶺路（粵語：景嶺路）、唐明街（粵語：唐明街）、唐俊街、寶邑路、昭信路、銀澳路（粵語：銀澳路）、培成路（粵語：培成路）、常寧路、寶寧路、寶琳北路、佳景路、欣景路、寶豐路、寶康路、將軍澳隧道公路、將軍澳隧道、將軍澳道、觀塘繞道、大老山隧道、沙瀝公路、沙田圍路、沙田鄉事會路、沙田車站圍、沙田站公共運輸交匯處、沙田車站圍、沙田鄉事會路、源禾路、火炭路及桂地街。 新巴投得多條專為配合將軍澳市中心發展而設的「將軍澳九龍專線」，令交匯處逐漸成為城巴新巴在將軍澳的重要據點，駛入將軍澳站巴士總站的專營巴士現時全屬城巴路線。 此路線停辦後半個月（2013年12月16日），港鐵將軍澳綫油塘站發生嚴重電力故障，觀塘綫及將軍澳綫列車服務受阻達五小時；更甚的是，在故障期間，將軍澳隧道更發生兩宗交通意外。 2013年8月12日，西貢區議會交通及運輸委員會舉行巴士工作小組會議，在會議當日早上，有委員實地視察此路線的客量，發現692P線最多乘客的一班都只得50人過海，而此路線在尚德亦平均只得30人上車，數字同運輸署數字大致吻合。 將軍澳隧道巴士轉乘站2025 小組委員因而作出讓步，提出此路線改為早上繁忙時間單向服務，然而當局堅持完全取締692線。 此路線投入服務11年以來，行車路線並無重大改動，只曾輕微修改中途站位置，卻多次削減班次。
將軍澳隧道巴士轉乘站: 九巴
798線投入服務前，新巴建議由796B及797M線取消後所各自騰出的5輛及2輛巴士配額行走此路線。 但由於797M線未能取消，故只能騰出1輛巴士，因此此路線最終使用6輛巴士，另加1輛來自792M線的柯打車。 因796B線取消前的主要用車為丹尼士飛鏢（20XX）單層巴士，因而成為此路線開線之初的主要用車。 行走798線的前城巴富豪奧林比安（VA76，原城巴車隊編號622）披上路線宣傳全車身廣告，以「沙田市中心快速直達將軍澳」、「將沙快線」作招徠，該車於2015年4月退役。 使用舊款顯示屏的自動報站機巴士顯示此站時，將站名分成兩行展示，即「將軍澳隧道」、「轉車站」，而英文顯示則列出「TKO TUNNEL BBI」，而使用新款顯示屏之巴士則可一行完整顯示中文名稱，英文顯示與手動報站機之顯示無異。 中國長春製列車在2013年5月13日首次行走將軍澳綫載客，派出列車為A363/A364，之後亦有中國長春製列車（A381/A382）於2014年4月15日晚上再次行走將軍澳綫，其後在2015年2月起開始每日出現1列中國長春製列車載客，成為首條同時有3款列車行走的港鐵本地路綫，但此安排已於2015年11月結束。
將軍澳隧道巴士轉乘站: 九龍巴士大欖隧道轉車站轉乘優惠計劃
後來，此線於星期六及假日改以雙層巴士行走，並於2010年12月提升至全線雙層巴士行走，但載客率仍然非常高，即使在非繁忙時間，抵達寶琳時也很多時已經滿「窗口位」。 為配合龐大的客量需求，新巴於2015年開辦輔助路線798A及798B線以擴展覆蓋範圍，並於2020年修改兩線於將軍澳區內的走線。 根據新巴資料顯示，798A線加經坑口後客量由35%提升至40%；而798B線改道不再途經坑口後，客量由25%下跌至20%。 [23] 本線隨著駿洋邨陸續入夥，於2020年延長至駿洋邨；並於新啟用鄰近興田及秀茂坪的將軍澳隧道轉車站設站，為該區居民提供沙田特快來往秀茂坪的服務[24]，預期此線需求將會繼續上升。
將軍澳隧道巴士轉乘站: 行車時間
尖沙咀東開經：科學館道、暢運道、漆鹹道南、梳士巴利道、彌敦道、加士居道、漆鹹道北、東九龍走廊、啟德隧道、啟福道、觀塘繞道、將軍澳道、將軍澳隧道、將軍澳隧道公路、寶邑路、寶康路、唐明街、景嶺路、寶邑路、唐賢街、至善街、寶邑路、環保大道（南行）、駿日街（北行）、駿昇街（東行）、掉頭、駿昇街（西行）、駿日街（南行）、環保大道（北行）及康城路。 將軍澳工業邨開經：駿宏街、環保大道、蓬萊徑、蓬萊路、環保大道、寶順路、唐明街、唐俊街、寶邑路、環保大道、將軍澳隧道公路、將軍澳隧道、將軍澳道、觀塘繞道、大老山隧道、大老山公路、沙瀝公路、沙田圍路、沙田鄉事會路、沙田車站圍、沙田鄉事會路、源禾路、火炭路及桂地街。 城巴798線是香港的一條巴士路線，特快來往將軍澳（調景嶺站）及火炭（駿洋邨），來回程途經將軍澳隧道、觀塘繞道及大老山隧道[1]。 將軍澳隧道巴士轉乘站 至於城新方面，初期播報此站時，報站定格期間未有刪減字眼，導致「將軍澳隧道巴士轉乘站」十字拼合在一起[46]，由於空間不足，部分字更被強行壓縮，擠迫之餘有失觀感。
經過一輪角力，運輸署及沙田區議會於2010年9月就路線進行會議之後，當局最終決定於2010年10月10日開辦新路線798。 上述行人連繫設施工程由均安建築承辦[16]，在2017年3月陸續展開[17]，其中一組連接安達臣道石礦場發展區與安達邨仁達樓、寶達邨、曉光街 (秀茂坪道)和巴士轉乘站：另一組貫通秀茂坪邨秀暉樓現有行人天橋、秀茂坪南邨、秀茂坪邨秀明樓、梁式芝書院、曉明街、翠屏邨，接駁現有行人設施直達觀塘站。 約一個月後方修正為中文顯示「將軍澳隧道」、「轉車站」，以及英文顯示「TKO TUNNEL」、「INTERCHANGE」。 上述行人連繫設施工程在2017年3月陸續展開[11]，其中一組連接安達臣道石礦場發展區與安達邨仁達樓、寶達邨、秀茂坪道和巴士轉乘站：另一組貫通秀暉樓現有行人天橋、秀茂坪南邨、秀明樓、梁式芝書院、曉明街、翠屏邨，接駁現有行人設施直達觀塘站。 北港島綫開通後，將軍澳綫的西側總站將會延伸至會展站或添馬站，兩站分別與東鐵綫及東湧綫交匯（如只伸延至會展站，銅鑼灣北站則不會興建，而東湧綫則不會向東延長）。
將軍澳隧道巴士轉乘站: 途經的公共交通服務
以機場乘搭A29為例，若於轉車站轉乘694、797等13條巴士線，前往尚德、調景嶺、日出康城或寶琳，可享免費轉車；倘在牛頭角登車乘搭796S，轉乘前往日出康城的巴士，第二程只須補1.7元差價。 倘乘客選擇不於轉乘站轉車，改為於796S總站「車駁車」前往日出康城，第二程選搭796P及797M，則各需再支付3.6元及4.8元。 九巴於大欖隧道通車時大幅重組元朗區往返市區的巴士路線，當時除53、新開辦的63X及一度暫停服務的68A仍服務青山公路及屯門外，其餘所有路線於1998年5月26日起改經大欖隧道，以及新設多條全日巴士路線行經大欖隧道，並推出「大欖隧道巴士路線轉乘優惠」。 在轉乘優惠推出初期，九巴採用轉車票模式，供乘客轉乘其他行駛大欖隧道巴士路線，乘客可憑轉車票上車，而轉乘部份較長途路線則須連同轉車票補付優惠車費。 隨著八達通普及，由2002年3月29日開始，該轉乘優惠正式轉為八達通轉乘優惠，而使用轉車票轉車的安排則於同年4月11日起取消。 由於轉乘優惠囊括大批路線，當局唯恐此等路線以非空調與空調巴士提供混合服務會造成票價制度混亂，再者政府早已預計三號幹線會吸納大量屯門公路的車輛改道，當中不乏中港貨運業者，空氣質素問題也必然比大老山隧道惡劣，於運輸署按元朗區議會的指引著手整頓元朗區巴士路線之時，環境保護署亦嚴格限制路線的用車，包括只可使用空調巴士，以及優先使用低排放型號。
各巴士公司將分別增設優惠，其中九巴共有9條路線途經轉車站，包括98、98D、98S、296A、296C、296D、296P、297和690。 九巴表示，除690線外，九巴會在大部分路線，為乘客提供免費轉乘優惠，部分路線另會以「補差價」形式回饋乘客，即兩程總收費，以當中較高一程的收費為準，最多可慳5.1元。 如由康城乘98，於觀塘轉乘88X往沙田，兩程車總收費為15.4元，實際總收費為11.2元，可享4.2元轉乘折扣。 隨著新轉車站啟用，九巴開辦98號循環線來往將軍澳工業邨及牛頭角站，並途經康城、清水灣半島、觀塘及牛頭角，車資全程為7.2元，由早上6時至晚上12時提供服務。 將軍澳隧道巴士轉乘站2025 新巴亦開辦797號循環線，往來日出康城及九龍灣商貿區，同樣於早上6時至晚上12時營運，全程車資7.9元。
將軍澳隧道巴士轉乘站: 九龍巴士298E線
日出康城領都（英文：Le Prestige LOHAS Park）位於西貢區將軍澳南部日出康城領都、領峯及領凱外的環保大道，為一個路邊巴士站。 新巴終於按照計劃於2000年2月1日接辦296X線，並按照新巴的編號模式，把路線編號更改為796X，並與同日開辦的796M線（已取消），成為新巴首兩條服務新界區及九龍區的專利非過海巴士路線，以及新界區及九龍區首兩條700系列編號專利巴士路線。 與此同時，九巴296X線的原有用車大部份被編配行走過海隧道巴士103線。
